用户侧并网存在“渗透率”和“逆功率流”的问题。光伏“渗透率”（Penetration）即光伏装机占供电范围内峰值负荷的比例。当光伏渗透率低时，不会有任何技术问题，美国将这一比例确定为15%（现在已提出将这一比例提高到30%的建议），日本为20%。当光伏穿透功率较大（如超过30%），在白天负荷较小的情况下，有可能出现光伏总功率高于总负荷，光伏电量则通过配电变压器向高压侧反送电，被称作“逆功率流”（Reverse Power Flow），这会使配电网网压升高，造成安全隐患。对此，可以采用无功、有功调节，储能，负荷侧管理以及加装防逆流装置，来防止网压升高。这一问题也应在今后分布式光伏项目推广中引起注意。
　　2）合同能源管理方式
　　金太阳示范工程的原则是“用户侧并网”和“自发自用”。如果是“自建自用”，当然没有问题，但如果光伏系统开发商和建筑本身不属于同一单位，则会出现“为别人省电”和如何进行利益分配的问题。对此，就只能效仿节能项目，采用“合同能源管理”的方式来对光伏自用电量的效益进行分配。光伏系统开发商与建筑所有者签订协议，建筑所有者将省下来的电费按照租赁光伏电源的方式支付给光伏开发商，而光伏开发商以租赁屋顶的方式对建筑所有者给以适当补偿。
　　但在实际操作中，金太阳工程中的合同能源管理方式遭到了地方电力公司的质疑，根据我国电力法规定，除了电力公司，任何机构都不得向用户出售电力。采用合同能源管理方式运营光伏发电系统，就是在向屋顶所有者售电。因此，光伏发电的电量只能卖给电力公司。现在这个问题虽然在法律层面尚未解决，但在实际操作中已经解决，电网公司在2011年12月5日发布的文件（办发展（2011）100号）中明确：对于金太阳示范项目业主与用电用户为同一地点不同法人情况，可按照合同能源模式管理。
　　采用合同能源管理模式运营分布式光伏发电项目，对于开发商仍然具有很高风险。开发商与建筑业主（或用电户）非同一主体，自用光伏电量收益需要由用电户向开发商支付，风险大，不如同电网企业进行交易；目前没有效益分配的统一标准，就怕建筑业主（或用电户）“狮子大张口”。比如每度自用光伏电量的总收益为1.2元/kWh，开发商付出≤ 5%（≤ 0.06元/kWh）还可以接受，高于此就会造成开发商亏损；合同期20年，但20年间用电户的用电量下降，企业倒闭，房屋转让或变更承租人，都会给开发商带来巨大的经济损失。

　　3）建筑安全
　　金太阳示范工程和光电建筑项目中95%以上安装在屋顶上，这对于建筑载荷、保温、防渗漏、抗风、抗震、防雷击等都会带来直接或间接的影响，而在以往项目的实施中确缺乏认真评估，存在隐患。在今后规模化推广分布式光伏发电的时候必须引起高度重视。